在台灣，台灣總統馬英九1日發表元旦祝詞時表示，台灣在提升全球經濟地位、維護台灣尊嚴的同時，也要有效發揮自己的特質，在兩岸關係長期發展，發揮正面引導作用。

        馬英九上午主持元旦團拜並發表元旦祝詞。馬英九表示，過去一年，兩岸關係出現歷史轉折，實現盼望多年的空運直航、海運直航與直接通郵的「大三通」。

        馬英九稱，大三通能夠順利啟動，得力於民進黨執政時期的小三通及假日包機政策。大三通後，台灣與大陸的經貿關係將日益密切，兩岸民間交流也將更為頻繁。這對台灣而言，既是機會，也是挑戰。

        馬英九指出，台灣不僅應藉此提升在全球經濟中的地位，也要在兩岸經貿關係日益深化之際，積極維護台灣的尊嚴。同時也要有效發揮自己的政治、社會與文化特質，讓台灣對兩岸關係的長期發展，發揮正面的引導作用。

        另外，元旦總統府升旗典禮1日在總統府前舉行，有民眾戴著海協會會長陳雲林面具，抗議第二次「江陳會」時警方不尊重人權。