國泰航空表示，已遵照世界衛生組織、國際航空運輸協會、美國疾病預防控制中心及香港衛生署的機艙及消毒指引，進一步為所有飛機加強機艙的清潔以保持高度的衛生水平。加強清潔措施包括為整個機艙、洗手間、空廚、公共地方、座位及餐盤消毒，另外所有用過的枕頭、毛毯、座椅上的頭枕套均會更換。

        國泰採用醫院使用的清潔/消毒藥水，對消除病菌、病毒及真菌非常有效，且對人類及環境無害。國泰的飛機清潔措施，自非典型肺炎後已有提升，並合乎航協及世衛就疑似傳染病個案的機艙消毒指引。

        國泰航空在機艙內採用的高效微粒子空氣過濾系統(HEPA)，能有效過濾逾99.999%的塵埃微粒及污染物，此先進的空氣過濾系統與醫院手術室使用的系統相同，能確保機艙空氣質素維持在最佳水平。

        自甲型H1N1流感爆發後，國泰於全球超過72個機場的登機櫃位張貼「公共衛生警戒告示」，若乘客出現流感癥狀，應立即通知航空公司職員尋求協助，暫時取消跨國旅遊並尋求適當診治。

        所有國泰航班內，均會廣播衛生署的最新訊息，提醒機艙服務員及乘客留意疫情，以及要求入境旅客填寫健康申報表。並與香港衛生當局設立通報機制，以確保與政府保持密切的溝通。

        國泰已在航機上增加口罩的存量，以備不時之需，亦呼籲員工上班前應先自行檢測體溫，並提示空勤人員在處理疑似個案時及某些特殊情況下宜戴上口罩。職員可自行選擇是否佩戴口罩。此外，公司已加強國泰城的衛生措施，此外自非典型肺炎爆發後，公司亦已加強機艙餐膳的衛生措施並一直維持至今。

        國泰將繼續與衛生署、世衛、國際民航組織及航協等密切聯繫，配合執行預防措施。

        世衛並不建議就甲型H1N1流感實施旅遊限制，因限制旅遊對防止疫情擴散的作用不大。