台灣傳媒報道，屏東縣災區陸續有官兵發燒送院，國防部證實，10名士兵染H1N1甲型流感（人類豬流感）。由於屏東林邊醫護站已經有不少官兵，因為身體不適前往就醫，因此台軍六軍團24日在鄉公所展開大規模消毒工作，任何人員在進入鄉公所前都要先噴消毒水。

        報道指，屏東縣有十多名士兵，感染H1N1甲型流感，患病官兵分別在三間醫院，接受治療。其中10人證實染新流感，全部徵狀輕微，並非報道所指出現肺腫或死亡。

        疾管局害怕疫情擴大，台軍展開大規模消毒，現在所有協助清理災區的台軍都得戴上口罩，就連進入鄉公所前，也都要先噴消毒水。

        除了救災官兵可能集體感染新流感外，屏東萬丹鄉林內村全村也有超過100人出現高燒不退症狀。疾管局及衛生局人員也挨家挨戶探訪，希望了解在風災後有多少人生病住院。

        衛生局要求收容中心每日為災民量體溫，並把咳嗽和發燒的人隔離。至於藥品儲存量部分，疾管局也從原本只能供給410萬人的份量，提高到給710萬人使用。

        疾管局表示，發病個案並無家庭聚集現象，顯示人傳人機率較小，因該村之前有淹水，所有個案都曾在淹水時工作，不排除為因清理家園而感染。